1、檢查檢驗檢測機構法律主體
具有獨立法人資格的檢驗檢測機構，重點檢查《營業執照》的有效性，檢驗檢測機構的財務應獨立核算；明確對向社會出具具有證明作用的檢測數據和結果的法律責任。
2、檢查資質認定標志的使用情況
重點檢查檢驗檢測機構標志使用的符合性，需要確認檢驗項目和使用的標準依據是否在該機構已獲資質認定的項目表中。部分檢驗檢測機構缺乏認識，往往認為取得了資質認定證書，就證明本機構已獲得了對外開展檢測活動的能力。
3、關鍵人員的檢查
重點關注：
技術負責人：應具備中級及以上本專業技術職稱或同等能力，大型綜合性實驗室技術負責人可以是一人全面負責技術運作，也可以是多名技術負責人分別負責不同專業領域的技術運作，以滿足不同的檢測活動。
授權簽字人：須具備中級及以上相關專業技術職稱或同等能力。
食品檢驗機構的檢驗人員的要求：
即具有中級以上（含中級）專業技術職稱或同等能力人員的比例不少于30%，應持證上崗；從事食品檢驗機構技術管理人員應具有相關專業的中級以上（含中級）技術職稱和同等能力，從事食品相關工作三年以上。
非授權簽字人不得簽發檢驗檢測報告。
授權簽字人須經資質認定主管部門批準后行使其職責。
不得使用同時在兩個及以上檢驗檢測機構從業的人員。
4、設施環境的檢查
重點檢查檢驗檢測機構固定的、臨時的、可移動的或多檢測場所檢測地址是否具備自有房產證明、房屋租賃合同等證明材料。
標準中明確規定環境要求時，為避免影響檢測結果，對涉及空間隔離、電磁場的隔離和生物安全等進行有效隔離。食品檢測室設施設備應予以有效隔離，避免交叉污染。實驗室的設施環境應合理布局，做好諸如通風、采光、噴淋、廢棄物的處置等。
5、檢測設備的檢查
檢驗檢測機構應按產品標準要求正確配備檢測用儀器設備，及軟件、標準物質。檢驗檢測機構應制定儀器設備年度總體計劃，對設備的采購、驗收、檢定校準、使用、維護保養進行明確規定。重點檢查設備檢定/校準應在有效期內，有合格的檢定標識。
6、場所、人員、標準發生變更的檢查
重點檢查檢驗檢測機構的名稱、檢測地址及法人性質發生變化的；檢驗檢測機構的法定代表人、最高管理者、技術負責人、授權簽字人等關鍵人員發生變化的；資質認定檢驗檢測項目自行撤消的；檢驗標準、方法標準發生變更的，均應及時向資質認定行政審批部門提交變更申請。
7、管理體系和運行記錄的檢查
檢驗檢測機構的管理體系應按照《檢驗檢測機構資質認定管理辦法》等相關要求制定，其運行記錄應規范、嚴謹。所有記錄保存期應為6年，管理體系及內部文件應及時予以受控。
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